按照辦法，門診費用結(jié)算以按人頭付費為主，按單元付費和按項目付費為輔。具體如下：社區(qū)門診統(tǒng)籌費用按人頭付費;慢性腎功能衰竭門診血透和門診大型醫(yī)療設(shè)備檢查治療費用等按單元付費;在定點零售藥店發(fā)生的憑處方外配、直接購買非處方藥的費用按項目付費;個人賬戶支付的門診基本醫(yī)療費用及生育醫(yī)療保險參保人產(chǎn)前檢查費用等按項目付費。

　　住院醫(yī)療費用結(jié)算以按單元付費為主，按病種付費和按項目付費為輔，具體方式如下：經(jīng)市社會保險機(jī)構(gòu)核定，住院次均醫(yī)保費用在普通住院次均醫(yī)保費用標(biāo)準(zhǔn)2倍以上、病例數(shù)30例以上的疾病費用，按病種付費。超過普通住院次均費用標(biāo)準(zhǔn)3倍以上的部分以及特殊醫(yī)用材料的費用，按項目付費。長期住院的精神分裂癥病人的住院醫(yī)療費用實行年度包干，按人頭付費?？祻?fù)病種住院及家庭病床等的醫(yī)療費用，按床日付費。其他普通住院費用按單元付費。

　　參保人在定點醫(yī)藥機(jī)構(gòu)發(fā)生的醫(yī)療費用，屬于醫(yī)療保險基金支付的，由市社會保險機(jī)構(gòu)按月支付;屬于參保人自付的，由定點醫(yī)藥機(jī)構(gòu)向參保人直接收取。定點醫(yī)藥機(jī)構(gòu)有違規(guī)情形的，違規(guī)的醫(yī)療費用市社會保險機(jī)構(gòu)不予支付;參保人在定點醫(yī)療機(jī)構(gòu)就醫(yī)被認(rèn)定為醫(yī)療事故的，因醫(yī)療事故及其后遺癥所產(chǎn)生和增加的醫(yī)療費用市社會保險機(jī)構(gòu)不予支付。

　　2008年出臺的《深圳市社會醫(yī)療保險費用結(jié)算辦法》廢止。