2012年起，在5個地級市及所轄縣、市(區(qū))全部推行總額預付。付費方式中，首推總額預付制，即根據(jù)基本醫(yī)療保險基金預算情況、醫(yī)療機構(gòu)服務能力，基本醫(yī)療保險經(jīng)辦機構(gòu)向醫(yī)療機構(gòu)支付固定費用，用于指定范圍內(nèi)參保人員的醫(yī)療服務支出。按季度向各醫(yī)療機構(gòu)支付每季度預付總額的90%，剩余10%作為質(zhì)量保證金，于次年3月底前與醫(yī)療機構(gòu)結(jié)算完畢。
按人頭付費制是指基本醫(yī)療保險經(jīng)辦機構(gòu)按預先確定的每個服務人口的付費標準，以及醫(yī)療機構(gòu)簽約服務的參保人員數(shù)，向醫(yī)療機構(gòu)支付費用?；?a href="http://www.kcuv.cn/yiliaobaoxian/">醫(yī)療保險經(jīng)辦機構(gòu)根據(jù)各醫(yī)療機構(gòu)歷年門診醫(yī)療費用情況，門診總?cè)舜渭耙话阍\療費支付標準等確定各醫(yī)療機構(gòu)門診預付總額。按季度向各醫(yī)療機構(gòu)支付預付總額的50%，各季度剩余50%于次年的3月底前與定點基層醫(yī)療機構(gòu)結(jié)算完畢。

按病種付費制是指基本醫(yī)療保險經(jīng)辦機構(gòu)按預先商定的每個疾病(或疾病組)的付費標準向醫(yī)療服務提供方付費?；踞t(yī)療保險經(jīng)辦機構(gòu)確定試點病種名稱、付費標準及價格調(diào)整機制。按季度向各醫(yī)療機構(gòu)支付實際發(fā)生按病種付費基本醫(yī)療保險基金應付總額的95%，剩余的5%作為質(zhì)量保證金，于次年3月底前按相應比例向定點醫(yī)療機構(gòu)返還。

據(jù)悉，年終醫(yī)療機構(gòu)實際費用未超過預付標準時，考核達標者，結(jié)余部分全部獎勵醫(yī)療機構(gòu)；考核不達標者，扣除違規(guī)費用后據(jù)實結(jié)算。